Intracellular Stochastic Modelling of Influenza A Virus and DIP Replication

Defective interfering particles (DIPs) are mutated versions of viruses that are characterized by carrying internal deletions in their genome. These deletions are introduced randomly during virus replication and the truncated genomes interfere with the propagation of their standard virus (STV) leading to reduced infectious virus titers. Therefore, DIPs were recently proposed to be used for antiviral therapy which increased the demand for a reliable production process and a better understanding of the interference mechanism. The infection dynamics were analysed by a deterministic modelling approach, however, the impact of stochastic effects introduced by cell-to-cell variability, different coinfection scenarios and an independent genome segment replication remain largely elusive. Hence, we developed a stochastic model of influenza A virus and DIP replication which considers the influence of these random effects on STV and DIP release. We found that the viral nucleoprotein (NP), which is essential for encapsidation of the naked viral RNA (vRNA), is strongly affected by fluctuations and three distinct sub-populations emerged in our model. Furthermore, simulations performed with one DIP and one STV infecting the cell resulted in mostly non-productive simulations, mainly caused by failures during the endocytosis of particles and by the random degradation of vRNAs. Moreover, the optimal DIP production was achieved when STV enters nucleus first and the DIP entry is delayed between 1.5 and 3 hours. Lastly, we demonstrate that the implementation of a two-step packaging process, which separates the formation of genome complexes and the assembly of all required proteins for release, is crucial to achieve a substantial DIP advantage over STV production. Overall, our simulations suggest that a combination of various random effects influences the replication of STVs and DIPs inducing a broad distribution of progeny particle release. The stochastic model developed in this thesis provides an ideal basis for the analysis of these effects and their impact on DIP interference and production

Az adverbiumok mondattani és jelentéstani kérdései = The syntax and syntax-semantics interface of adverbial modification

A határozószók és a határozók alaktani, mondattani és funkcionális kérdéseit vizsgáltuk a generatív nyelvelmélet keretében, főként magyar anyag alapján. Olyan leírásra törekedtünk, melyből a különféle határozófajták mondattani viselkedése, hatóköre, valamint hangsúlyozása egyaránt következik. A különféle határozótípusok PP-ként való elemzésének lehetőségét bizonyítottuk. A határozók mondatbeli elhelyezése tekintetében a specifikálói pozíció (Cinque 1999) ellen és az adjunkciós elemzés (Ernst 2002) mellett érveltünk. Megmutattuk, hogy a határozók szórendjének levezetéséhez bal- és jobboldali adjunkció feltételezése egyaránt szükséges. A különféle határozófajták szórendi helyét mondattani, jelentéstani és prozódiai tényezők összjátékával magyaráztuk. A jelentéstani tényezők között pl. a határozók inkorporálhatóságát korlátozó típusmegszorítást, a negatív határozók kötelező fókuszálását előidéző skaláris megszorítást, egyes határozófajták és igefajták komplex eseményszerkezetének inkompatibilitását vizsgáltuk. Az ige mögötti határozók szórendjét befolyásoló prozódiai tényező például a növekvő összetevők törvénye. Megfigyeltük az intonációskifejezés- újraelemzés kiváltódásának feltételeit és jelentéstani következményeit is. A helyhatározói igekötők egy típusát a mozgatási láncok sajátos fonológiai megvalósulásaként (a fonológiailag redukált kópia inkorporációjaként) elemeztük. A tárgykörben mintegy 60 tanulmányt publikáltunk. Adverbs and Adverbial Adjuncts at the Interfaces (489 old.) c. könyvünket kiadja a Mouton de Gruyter (Berlin). | This project has aimed to clarify (on the basis of mainly Hungarian data) basic issues concerning the category "adverb", the function "adverbial", and the grammar of adverbial modification. We have argued for the PP analysis of adverbials, and have claimed that they enter the derivation via left- and right-adjunction. Their merge-in position is determined by the interplay of syntactic, semantic, and prosodic factors. The semantically motivated constraints discussed also include a type restriction affecting adverbials semantically incorporated into the verbal predicate, an obligatory focus position for scalar adverbs representing negative values of bidirectional scales, cooccurrence restrictions between verbs and adverbials involving incompatible subevents, etc. The order and interpretation of adverbials in the postverbal domain is shown to be affected by such phonologically motivated constraints as the Law of Growing Constituents, and by intonation-phrase restructuring. The shape of the light-headed chain arising in the course of locative PP incorporation is determined by morpho-phonological requirements. The types of adverbs and adverbials analyzed include locatives, temporals, comitatives, epistemic adverbs, adverbs of degree, manner, counting, and frequency, quantificational adverbs, and adverbial participles. We have published about 60 studies; our book Adverbs and Adverbial Adjuncts at the Interfaces (pp. 489) is published in the series Interface Explorations of Mouton de Gruyter, Berlin

Hallgatói visszajelzések a kényszertávoktatásra való átállásról és a digitális módszertani megújulásról az egyetemi szaknyelvoktatásban:: egy kérdőíves felmérés tanulságai

  This study explores university students’ perceptions on the introduction of emergency remote teaching in March 2020 and summarises related findings. The theoretical part of the paper discusses methodological renewal necessitated by the switch to digital education; more specifically, comprises willingness to learn autonomously and ICT in language education. The study describes how emergency remote teaching was introduced and practiced at Budapest Business School: it details what work forms were used during languages for specific purposes classes; to what extent students felt the given work forms were useful and effective; how the switch to digital education impacted students’ motivation to language learning; and what arrangements of digital education the students regarded the most effective. In addition to a number of conclusions, data collected seem to underpin the following: students unanimously require real-time interaction with educators and peers; those students who had online personal connections with their instructors remained more motivated; in their capacity as facilitators and as co-managers and co-supporters of the learning process, educators continue to assume a pivotal role in maintaining and increasing motivation.Kutatásunk célja, hogy a 2020 márciusában történt digitális munkarendre való átállással kapcsolatos felsőoktatási hallgatói tapasztalatokat felmérjük és a vonatkozó következtetéseket levonjuk. Tanulmányunk elméleti részében kitérünk a digitális átálláshoz szükséges módszertani megújulásra: így foglalkozunk az autonóm tanulási hajlandósággal, valamint az információs és kommunikációs technológia alkalmazásával. Kutatásunk kapcsán leírjuk, hogy a Budapesti Gazdasági Egyetemen hogyan valósult meg a digitális átállás: milyen oktatási környezetben tanultak a szaknyelvi órákon; a hallgatók mennyire érezték hasznosnak az ilyen formájú oktatást; milyen hatással volt a digitális átállás a diákok tanulási motivációjára; a hallgatók véleménye szerint milyen lenne a digitális oktatás leghatékonyabb formája. Számos egyéb megállapítás mellett adatainkból világosan kirajzolódik: a hallgatók egyöntetűen igénylik a valós idejű interakciót az oktatókkal és társaikkal; azon hallgatók, akik személyes kapcsolatot ápoltak az oktatójukkal, motiváltabbak maradtak; az oktatóra kiemelt szerep hárul a motiváció fenntartásában és növelésében facilitátorként, valamint a tanulási folyamat részbeni irányítójaként és támogatójaként

Arg236 in human chymotrypsin B2 (CTRB2) is a key determinant of high enzyme activity, trypsinogen degradation capacity, and protection against pancreatitis.

Pancreatic chymotrypsins (CTRs) are digestive proteases that in humans include CTRB1, CTRB2, CTRC, and CTRL. The highly similar CTRB1 and CTRB2 are the products of gene duplication. A common inversion at the CTRB1-CTRB2 locus reverses the expression ratio of these isoforms in favor of CTRB2. Carriers of the inversion allele are protected against the inflammatory disorder pancreatitis presumably via their increased capacity for CTRB2-mediated degradation of harmful trypsinogen. To reveal the protective molecular determinants of CTRB2, we compared enzymatic properties of CTRB1, CTRB2, and bovine CTRA (bCTRA). By evolving substrate-like Schistocerca gregaria proteinase inhibitor 2 (SGPI-2) inhibitory loop variants against the chymotrypsins, we found that the substrate binding groove of the three enzymes had overlapping specificities. Based on the selected sequences, we produced eight SGPI-2 variants. Remarkably, CTRB2 and bCTRA bound these inhibitors with significantly higher affinity than CTRB1. Moreover, digestion of peptide substrates, beta casein, and human anionic trypsinogen unequivocally confirmed that CTRB2 is a generally better enzyme than CTRB1 while the potency of bCTRA lies between those of the human isoforms. Unexpectedly, mutation D236R alone converted CTRB1 to a CTRB2-like high activity protease. Modeling indicated that in CTRB1 Met210 partially obstructed the substrate binding groove, which was relieved by the D236R mutation. Taken together, we identify CTRB2 Arg236 as a key positive determinant, while CTRB1 Asp236 as a negative determinant for chymotrypsin activity. These findings strongly support the concept that in carriers of the CTRB1-CTRB2 inversion allele, the superior trypsinogen degradation capacity of CTRB2 protects against pancreatitis

Anaplasmataceae closely related to Ehrlichia chaffeensis and Neorickettsia helminthoeca from birds in Central Europe, Hungary

Increasing amount of data attest that (in the context of vector-borne infections) birds are not only important as hosts of blood-sucking arthropod vectors, but also as reservoirs of vector-borne pathogens. From 2015 to 2019 cadavers of 100 birds (from 45 species, nine orders) were collected in Hungary, and their organs were screened for DNA from a broad range of vector-borne bacteria with PCR and sequencing. Molecular analyses revealed the presence of Anaplasmataceae, and sequencing identified bacteria closely related to Neorickettsia helminthoeca and Ehrlichia chaffeensis in a Eurasian teal (Anas crecca)and a song thrush (Turdus philomelos), respectively. All samples were PCR negative for rickettsiae, borreliae, Francisella and Coxiella spp., as well as for piroplasms. To our knowledge, this is the first report of a Neorickettsia and an Ehrlichia sp., which belong to the phylogenetic groups of N. helminthoeca and E. chaffeensis, respectively, from Europe. The potential presence of these two vector-borne bacteria needs to be taken into account during future studies on the eco-epidemiology of Anaplasmataceae in Europe

Improved DNA extraction and quantitative real-time PCR for genotyping Erysiphe necator and detecting the DMI fungicide resistance marker A495T, using single ascocarps

DNA extraction from minute fungal samples is challenging in all genetic studies. Identification of genetic groups and population biology mostly rely on the laborious production of single conidium isolates or on field samples, including infected plant materials. This paper reports a simple and cost-effective protocol for DNA extraction from individual chasmothecia of Erysiphe necator for subsequent applications. It is a less laborious alternative for genotyping purposes than production and analysis of single conidium isolates or analysis of infected plant material from the field. Using the protocols described here for 186 E. necator samples tested, genetic groups A and B were assigned. Based on CYP51 sequences, all the samples belonged to group B, while TUB2 sequences exhibited SNPs also diagnostic for group A. Additionally, a quantitative real-time PCR detection method of single nucleotide polymorphism in the CYP51 gene associated with DMI fungicide resistance was applied. The A495T marker, associated with DMI resistance, and here reported for the first time from Hungary, was detected by quantitative real-time PCR assays and direct sequencing of CYP51. The methods developed in this study can be applied as routine tests to monitor powdery mildew populations for fungicide resistance and other genetic characteristics

A COVID–19-pandémia hatása a hirtelen szívmegállást követő alapszintű újraélesztésre és annak sikerességére

A koronavírus-betegség megjelenése óta világszerte nyomon követik a fertőzésekhez kapcsolódó közvetlen halálozást, és naponta számolják a vírus okozta halálesetek számát. A koronavírus okozta világjárvány nemcsak mindennapi életünket, de a teljes egészségügyi rendszer működését átrendezte. A kórházi felvételre való fokozott igény kapcsán a különböző országok vezetői számos, az egészségügyi ellátást befolyásoló rendkívüli intézkedést vezettek be. Az átrendeződés mind direkt, mind indirekt módon negatív hatással volt a hirtelen szívhalál epidemiológiai mutatóira, a laikus elsősegélynyújtók cardiopulmonalis resuscitatióra való hajlandóságára és a félautomata defibrillátor használatára, ezek a negatív hatások azonban széles határok között mozognak a különböző kontinenseken és országokban. A laikusok és az egészségügyi dolgozók védelme, illetve a pandémia terjedésének megakadályozása érdekében a korábbi alapszintű és emelt szintű újraélesztésre vonatkozó, az Európai Újraélesztési Tanács által megfogalmazott ajánlások számos változtatáson estek át

Mellkasfali és intrathoracalis desmoid tumorok sebészi kezelésének kihívásai = Surgical challenges of chest wall and intra-thoracic desmoid tumors

A mellkasi desmoid tumorok ritka, borderline daganatok. A tumor elsődleges kezelése a radikális sebészi eltávolítás. A mikroszkóposan ép sebészi szél elérése gyakran komoly műtéttechnikai kihívást jelent, mivel a tumor infiltrálhatja a csontos mellkasfalat, a vállöv csontjait, a tüdőparenchymát, a plexus brachialist, valamint a mediastinum vitális képleteit. A mellkas stabilitásának megőrzése, az optimális funkcionális és esztétikai eredmény elérése szintetikus hálók beültetését, illetve autológ szövettel történő plasztikai rekonstrukciókat tehet szükségessé. A multidiszciplináris műtétek még speciális centrumokban is magas morbiditással járhatnak. A szerzők közleményükben multicentrikus retrospektív feldolgozás keretében sporadikus mellkasfali, illetve intrathoracalis desmoid tumorok sebészi ellátásának technikáját elemzik, illetve irodalmi összehasonlítást folytatnak. Orv. Hetil., 2011, 152, 3–13. | Chest wall desmoids are rare, borderline tumors. Radical surgical excision is considered to be the primary treatment. Tendency of desmoids to infiltrate the chest wall, the shoulder girdle, lung parenchyma, brachial plexus and vital components of the mediastinum provides a difficult surgical challenge in the efforts of achieving microscopically negative margins. Implantation of synthetic meshes and reconstructive plastic surgical techniques might be necessary to perform in order to preserve stability of the thorax, and to achieve optimal functional and aesthetic results. Multidisciplinary surgeries may result in a high rate of morbidity even in specialized centers. Within the framework of a retrospective multicenter review, authors assessed surgical techniques implemented in the case of patients who underwent surgical management for sporadically appearing chest-wall and intra-thoracic desmoids, and reviewed the relevant literature. Orv. Hetil., 2011, 152, 3–13